No ano de 2006, a partir da reestruturação do Departamento Penitenciário Nacional - Depen, foi criado o Sistema Penitenciário Federal, com a finalidade de ser o gestor e fiscalizador das Penitenciárias Federais em expresso cumprimento ao contido na Lei de Execução Penal - LEP, especialmente em seu artigo 72, parágrafo único, que lhe confere essa incumbência de forma exclusiva. O Sistema Penitenciário Federal é constituído pelos estabelecimentos penais federais, subordinados ao Departamento Penitenciário Nacional – Depen do Ministério da Justiça.
A Diretoria do Sistema Penitenciário Federal é a responsável pela gestão do Sistema Penitenciário Federal e tem na sua estrutura a Coordenação-Geral de Inclusão, Classificação e Remoção, Coordenação-Geral de Tratamento Penitenciário, Coordenação-Geral de Informação e Inteligência Penitenciária, Corregedoria-Geral e as Penitenciárias Federais.
Compete a esta Diretoria:
promover a execução da política federal para a área penitenciária;
coordenar e fiscalizar os estabelecimentos penais federias;
custodiar presos, condenados ou provisórios, de alta periculosidade, submetidos a regime fechado, zelando pela correta e efetiva aplicação das disposições exaradas nas respectivas sentenças;
promover a comunicação com órgãos e entidades ligados à execução penal e, em especial, com Juízos Federais e as Varas de Execução Penal do País;
elaborar normas sobre direitos e deveres dos internos, segurança das instalações, diretrizes operacionais e rotinas administrativas e de funcionamento das unidades penais federais;
promover a articulação e a integração do Sistema Penitenciário Federal com os demais órgãos e entidades componentes do Sistema Nacional de Segurança Pública, promovendo o intercâmbio de informações e ações integradas;
promover assistência material, à saúde, jurídica, educacional, social e religiosa aos presos condenados ou provisórios custodiados em estabelecimentos penais federais;
planejar as atividades de inteligência do Departamento, em consonância com os demais órgãos de inteligência, em âmbito nacional;
propor ao Diretor-Geral os planos de correições periódicas; e
promover a realização de pesquisas criminológicas e de classificação dos condenados.