O Programa de Transparência do Ministério da Justiça foi criado pela Portaria nº 3.746, de 17 de dezembro de 2004, com a finalidade de facilitar o acompanhamento, pela sociedade, dos atos e gastos do Ministério, bem como de aperfeiçoar os mecanismos internos de prevenção e controle, de modo a assegurar plenamente a regularidade de toda atividade administrativa desenvolvida pelo MJ.
  
 O Programa foi idealizado para ser desenvolvido em duas fases.
  
 A primeira fase teve como escopo aperfeiçoar as medidas de cumprimento ao princípio da publicidade – que, expresso no artigo 37 da Constituição da República de 1988, impõe ao Estado o dever de informar seus atos à coletividade.
  
 Nessa fase foi criado na rede mundial de computadores – Internet o sítio do Programa de Transparência, no qual passaram a ser divulgados de forma detalhada, em linguagem simples e acessível, os atos que importam despesas ao Ministério.
  
 A segunda fase tem como foco a análise dos processos de realização de despesas e dos procedimentos disciplinares, com vistas à prevenção de eventuais desvios, assim como ações educativas, para o fortalecimento de uma cultura de profundo respeito ao patrimônio público.
  
 Nesta segunda fase do Programa, estão sendo analisados os processos de realização de despesas e procedimentos disciplinares do Ministério da Justiça e dos órgãos vinculados, incluindo os Departamentos de Polícia Federal e de Polícia Rodoviária Federal.
  
 As Portarias nº 1.417 e 1.418, ambas de 27 de julho de 2005, regulam de forma pormenorizada as ações do Programa de Transparência, no que se refere à divulgação de informações e análise e aperfeiçoamento dos mecanismos preventivos de controle da atividade administrativa do Ministério.
  
 O Programa, desenvolvido no âmbito do Gabinete do Ministro, é coordenado pela força-tarefa instituída pela mesma Portaria que o criou.