Competências legais dos Órgãos Auxiliares e de Fiscalização do Sistema Penitenciário Federal
Competência estabelecida pelo Regimento Interno, Portaria nº 674, de 20 de março de 2008.
Coordenação – Geral de Inclusão, Classificação e Remoção
I - implementar os procedimentos administrativos concernentes às ações de inclusão, classificação e remoção de presos nas penitenciárias federais;
II - manter controle, por meio de sistema de gerenciamento, banco de dados informatizado, concernente à população carcerária do Sistema Penitenciário Federal;
III - diligenciar nos sistemas penitenciários estaduais e distrital, no Poder Judiciário, Ministério Público e nos organismos policiais para obtenção de documentos relativos aos presos recebidos pelo Sistema Penitenciário Federal;
IV - coordenar escoltas e remoções de presos do Sistema Penitenciário Federal; e
V - coordenar a realização de pesquisas criminológicas e de classificação de presos recebidos nas penitenciárias federais, provendo a Diretoria com os dados coletados.

Coordenação-Geral de Informação e Inteligência Penitenciária
I - coordenar e articular a integração do Sistema Penitenciário Federal com os demais órgãos e entidades componentes do Sistema Brasileiro de Inteligência - SISBIN, promovendo intercâmbio de informações e ações integradas;
II - planejar, coordenar e orientar as atividades de inteligência em assuntos de interesse e competência do Depen;
III - compilar, controlar e analisar dados de inteligência, submetendo-os à apreciação do Diretor do Sistema Penitenciário Federal;
IV - criar e implantar um sistema integrado de informação e monitoramento a ser compartilhado entre a Diretoria do Sistema Penitenciário Federal, as penitenciarias federais e as unidades do Departamento de Polícia Federal instaladas nas circunscrições das penitenciárias federais; e
V - assessorar a Diretoria do Sistema Penitenciário Federal em assuntos relativos ao gerenciamento de crises.

Coordenação-Geral de Tratamento Penitenciário
I - planejar, coordenar e orientar a execução de ações voltadas às assistências material, jurídica, educacional, social, religiosa, laboral e à saúde dos presos do Sistema Penitenciário Federal;
II - realizar inspeções ordinárias e extraordinárias em assuntos de sua competência nas penitenciárias federais;
III - assessorar o Diretor do Sistema Penitenciário Federal na elaboração do plano anual relacionado ao tratamento penitenciário nos estabelecimentos penais federais;
IV - acompanhar a evolução carcerária dos presos das penitenciárias federais, em conjunto com os respectivos Diretores e com a Defensoria Pública da União; e
V - manter intercâmbio com a Coordenação-Geral de Reintegração Social e Ensino, visando estimular atividades voltadas à elevação da escolaridade, qualificação profissional, trabalho e renda dos presos recebidos nas penitenciárias federais.

Corregedoria-Geral do Sistema Penitenciário Federal
I - elaborar normas e manuais de correição e disciplina do Sistema Penitenciário Federal, bem como o plano anual de correições ordinárias e extraordinárias;
II - assessorar o Diretor do Sistema Penitenciário Federal em assuntos de natureza jurídica;
III - receber representação contra servidor do Sistema Penitenciário Federal, coordenando a respectiva apuração;
IV - opinar acerca da instauração de procedimento administrativo-disciplinar envolvendo servidor do Sistema Penitenciário Federal;
V - indicar os membros integrantes das comissões de disciplina;
VI – solicitar a órgãos e entidades públicas e a pessoas físicas ou jurídicas documentos e informações necessários à instrução de procedimentos disciplinares em curso;
VII – verificar a regularidade dos trabalhos das comissões de disciplina; e
VIII – submeter ao Diretor-Geral, as conclusões alcançadas pelas Comissões nos procedimentos disciplinares, para decisão da autoridade competente.

Ouvidoria
A Ouvidoria do Sistema Penitenciário Nacional é órgão com o encargo de receber, avaliar, sugerir e encaminhar propostas, reclamações e denúncias recebidas no Departamento Penitenciário Nacional, buscando a compreensão e o respeito a necessidades, direitos e valores inerentes à pessoa humana, no âmbito dos estabelecimentos penais federais.