O Programa de Proteção Etno-ambiental do Vale do Javari foi elaborado em 1997, depois de discussões realizadas entre a Coordenação Geral de Índios Isolados da Fundação Nacional do Índio (CGII/FUNAI) e o Centro de Trabalho Indigenista (CTI).

Concebido dentro da política adotada pela CGII/FUNAI, que prevê a proteção dos grupos isolados através da fiscalização sistemática dos seus território, reduzindo os focos de invasão e os conflitos e massacres que dai derivam, o Programa tem como objetivo principal a preservação da Terra Indígena Vale do Javari e dos seus recursos naturais para o bem estar dos povos indígenas que ali vivem, e em especial, dos grupos indígenas isolados.

Para alcance desse objetivo, as ações do Programa foram agrupadas em três grandes linhas:

1. A primeira voltada à proteção da terra indígena Vale do Javari e dos grupos isolados que tradicionalmente a ocupam, o que inclui a fiscalização permanente da área, a identificação, localização e dimensionamento do território dos grupos isolados e atendimento à saúde dos grupos recém contatados. 

2. A segunda tendo como foco os grupos indígenas Matis, Marubo do Rio Novo e Kanamari, com contato permanente com nossa sociedade, e cujo território de ocupação tradicional é limítrofe ao dos grupos isolados. Aqui estão incluídas as atividades voltadas a um melhor conhecimento sobre essas populações indígenas e a utilização que fazem dos recursos naturais para o estabelecimento de um plano de gestão desses recursos. A definição por parte desses grupos de alternativas econômicas sustentáveis tem como meta a redução da pressão sobre os recursos existentes em seus territórios e nos territórios dos grupos isolados. O Projeto prevê também a articulação com o Conselho Indígena do Vale do Javari integrando as ações de proteção, monitoramento e vigilância da terra indígena. 

3. A terceira, enfocando a população regional que habita o entorno da terra indígena e, que prevê ações voltadas a divulgação e informação sobre os trabalhos desenvolvidos pelo Projeto e pela FUNAI, de modo a permitir a realização de parcerias na preservação do Vale do Javari.

Aprovado em sua concepção e objetivos pela Comissão Européia (CE) em 1999, o Projeto de Proteção Etno-ambiental do Vale do Javari começou a ser executado no mesmo ano, através de um Termo de Cooperação entre o CTI e a FUNAI. No seu primeiro ano recebeu também apoio, para ações específicas, da Cooperação Espanhola (AECI) e do governo britânico, através do Departamento para o Desenvolvimento Internacional (DFID).

Em seus dois anos iniciais de execução, o Programa de Proteção Etno-ambiental do Vale do Javari já apresenta resultados positivos. No que se refere à proteção e preservação da Terra Indígena, conseguiu-se uma redução significativa das invasões, através do controle e monitoramento permanente da área, com a consolidação da Base de Vigilância na confluência dos rios Ituí-Itaquai e com a construção do Posto de Vigilância no rio Quixito. Foram também realizados sobrevôos e expedições terrestres, que permitiram um maior conhecimento sobre o território dos grupos isolados e a localização de novas malocas, passo importante no aprimoramento das estratégias de proteção, monitoramento e fiscalização da Terra Indígena. Nesse período ainda, foi realizado um programa de controle de saúde dos grupos recém contatados, com redução das endemias, o que tem impedido a depopulação pós-contato. Foram também iniciadas atividades junto aos grupos Matis e Marubo, com a realização de estudos sobre a fauna e de um diagnóstico sócio-econômico preliminar, tendo por objetivo gerar informações sobre as condições de subsistência dos Matis e Marubo do rio Novo. Essas iniciativas resultaram na solicitação por parte dos Matis e Marubo do rio Novo de elaboração de um plano de educação, que atendesse suas demandas de maior compreensão sobre a sociedade regional.

O Programa de Proteção Etno-ambiental do Vale do Javari, pelos objetivos que se propõe a alcançar, tem também um caráter piloto, cujos resultados deverão ter replicabilidade em outras terras indígenas ocupadas por grupos isolados e populações indígenas contatadas e sujeitas a invasões e a pressão de nossa sociedade para exploração dos recursos naturais.